Urodził się 18 grudnia 1917 roku w Bruczkowie. W 1933 r. został przyjęty do Niższego Seminarium Misyjnego Księży Werbistów w Bruczkowie. Trzy lata później kontynuował naukę w Zakładzie Misyjnym Księży Werbistów w Rybniku a następnie w Niższym Seminarium Misyjnym Księży Werbistów w Górnej Grupie. W 1939 r. wstąpił do nowicjatu w Chludowie. 19 maja 1940 r. złożył pierwsze śluby zakonne. Aresztowany został 22 maja 1940 r. i przewieziony do Fortu VII w Poznaniu. Następnie przetransportowano go do obozu koncentracyjnego Dachau, a stamtąd 2 sierpnia do Gusen, gdzie nadano mu numer 7320. Zmarł 25 grudnia 1940 r. na terenie obozu koncentracyjnego Gusen I. 

Jan Wojtkowiak jest jednym ze 122 Sług Bożych, wobec których 17 września 2003 roku rozpoczął się proces beatyfikacyjny drugiej grupy męczenników z okresu II wojny światowej.