Urodził się 9 września 1906 roku w Konarskiem w gminie Kórnik. W roku 1929 rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Poznańskiego. Przerwał jednak naukę ze względu na stan zdrowia. W latach 1932-39 studiował na Wydziale Prawno - Ekonomicznym Uniwersytetu Poznańskiego. Przez cały okres studiów był aktywnym działaczem społeczno-politycznym.

Po studiach odbył ćwiczenia wojskowe na Wołyniu, gdzie po ukończeniu kursu dowódców kompanii został awansowany na stopień porucznika.

Szczególnie aktywną działalność rozwinął w Wielkopolskim Związku Młodzieży Wiejskiej (WZMW), w 1936 r. został prezesem tej organizacji. W latach 1936 - 1938 zajmował również stanowisko sekretarza miesięcznika WZMW „Społem”, na łamach którego opublikował 15 artykułów. Od roku 1936 do wybuchu wojny Jan Wojkiewicz był członkiem Zarządu Głównego Związku Młodzieży Wiejskiej Rzeczypospolitej Polskiej „Wici” w Warszawie. Był także współzałożycielem Uniwersytetu Ludowego im. Jana Kasprowicza w Nietążkowie koło Kościana, który zainaugurował swoją działalność w 1937 r.

W kampanii wrześniowej walczył w Bitwie nad Bzurą, w walkach pod Kockiem, Kraśnikiem i w Lasach Janowskich. W ostatnich dniach września znalazł się w Samodzielnej Grupie Operacyjnej „Polesie”. W dniu 12 października dostał się do niewoli niemieckiej. Przewieziony został do Biedruska, skąd udało mu się uciec. Ukrywał się w Radzewie, gdzie mieszkali jego rodzice. Rozpoczął szeroko zakrojoną działalność konspiracyjną. Już w listopadzie 1939 powstała pierwsza grupa konspiracyjna ruchu ludowego w powiecie śremskim. Jan Wojkiewicz zjednoczył podziemne grupy oporu doprowadzając do powstania X Okręgu Batalionów Chłopskich, na czele którego stanął jako komendant. Reprezentował ruch ludowy w Porozumieniu Stronnictw Politycznych w Poznaniu. W 1940 r. został stałym przewodniczącym PSP. Po aresztowaniu Adolfa Bnińskiego w lipcu 1941 r. objął obowiązki Delegata Rządu RP na ziemie polskie wcielone do Rzeszy. Został aresztowany przez gestapo 9 września 1941 a następnie uwięziony w Forcie VII. Podczas brutalnych przesłuchań w Domu Żołnierza nie zdradził nikogo. 18 stycznia 1942 r. zginął w Forcie VII.

Pośmiertnie Jan Wojkiewicz odznaczony został Krzyżem Virtuti Militari.